L’eutrophisation se déroule en plusieurs étapes : (1) l’arrivée dans les eaux naturelles de polluants riches en azote et en phosphore (rejets domestiques, engrais agricoles) ; (2) l’augmentation de la croissance des plantes aquatiques et des algues grâce à ces nutriments ; (3) la prolifération forme une couche végétale dense en surface qui empêche la pénétration de la lumière, arrêtant la photosynthèse et réduisant l’O₂ dissous ; (4) la décomposition anaérobie et la prolifération bactérienne enrichissent l’eau en gaz toxiques, provoquant la mort de la faune aquatique et la dégradation de l’écosystème.